学习技能是培养强力队伍的核心环节。特殊技能与普通攻击或防御动作不同，通常具备独特效果，如属性提升、天气改变或状态异常等。技能学习主要通过升级自然习得、技能机器（TM/HM）、招式复制以及特定NPC传授等方式实现。升级自然习得的技能无需额外操作，只需达到相应等级即可自动掌握；技能机器则是可重复使用的道具，可从地图探索、训练师对战或商店购买获得，但需注意不同宝可梦对技能机器的兼容性存在差异。
技能遗忘与重新学习机制为战术调整提供了灵活性。若需遗忘技能，需前往关都地区的技能遗忘屋（如尼比市），支付费用后选择目标技能进行删除。遗忘后腾出的技能槽可通过战斗随机学习新技能或使用技能学习器填补。部分高级技能如火红一字斩需完成特定剧情或挑战隐藏导师，这类技能往往威力较大且命中率高，但获取流程较为复杂，通常需要探索秘密地点或参与特殊事件。
隐藏技能导师分布在游戏各区域，例如月见山出口处可学习百万吨拳击和百万吨飞腿。部分技能如闪光需满足前置条件（如收集10种宝可梦）才能从NPC处获取。技能搭配需考虑宝可梦的属性与战斗定位，例如水系宝可梦适合搭配恢复类技能或增强本系输出的招式。协同效应也值得关注，某些技能组合能触发更强大的战术效果。
后期可通过第二岛的技能回忆师找回已遗忘的技能，每次需消耗树果作为代价。游戏中的技能机器种类繁多，建议优先获取高实用性技能如冲浪飞天等秘传技能以推进主线。探索过程中需留意火箭队基地、百货公司等区域，这些地点常藏有稀有技能机器。合理规划技能组合能显著提升队伍应对不同战局的能力，但需避免过度依赖单一技能类型。
技能系统的深度设计为游戏增添了策略维度。玩家需综合运用多种学习途径，结合宝可梦特性与队伍需求进行动态调整，才能最大化战斗效率。
